Das Museum hat die Besiedlungs- und Kulturgeschichte der Region Südschwaben von der Eiszeit bis ins frühe Mittelalterzum Thema. Die Darstellung erfolgt überwiegend anhand von archäologischen Funden und Befunden aus den Landkreisen Ober-, Unter- und Ostallgäu. Wichtige neue Forschungsergebnisse aus den angrenzenden oberbayerischen Landkreisen Landsberg und Weilheim-Schongau sind mit in die Ausstellung einbezogen worden.

Der Rundgang durch das Museum entspricht der zeitlichen Abfolge der vorgeschichtlichen Perioden Mittelsteinzeit (8000 bis 5500 v.Chr), Jungsteinzeit (5500 bis 2200 v.Chr), Bronzezeit (2200 bis 750 v.Chr), Eisenzeit (750 bis 15 v.Chr), Römerzeit (15 v.Chr. bis ca. 400 n.Chr) und Frühes Mittelalter (5. bis 8. Jh).

Dass man es bereits in der späten Bronzezeit verstand, Verkehrswege durch Moore zu bauen, belegt ein Knüppeldamm durch das Gallmoos bei Agathazell, östlich von Immenstadt. Den Luxus einiger ländlicher Gutshöfe zeigt sehr eindrucksvoll die rekonstruierte, mit Fresken geschmückte Apsis des Badegebäudes einer villa rustika von Schwangau, Landkreis Ostallgäu. Einen schönen Blickfang am Abschluss des Rundganges und zugleich Zeichen für die Christianisierung des Landes bilden die farbig und großformatig wiedergegebenen Illustrationen aus einer berühmten frühmittelalterlichen Handschrift.