Das Gebäude des Zollmuseums diente bis 1984 der Einfuhrzoll-Abfertigung für Teppiche. Vor dem Museum ist ein schwimmendes Abfertigungsgebäude eines aufgegebenen Hamburger Zollamtes vertäut.

Im Obergeschoß geht es um den Zoll früherer Zeiten, von den Römischen Provinzen bis in die Zeit von Bundeszollverwaltung und Zollverwaltung der DDR. Exponate aus den verschiedensten Epochen, wie dem Mittelalter, der Zeit deutscher Kleinstaaten, die Gründungszeit des deutschen Zollvereins und des Deutschen Reiches, der Weimarer Republik, des Dritten Reiches und der deutschen Teilung, veranschaulichen die Geschichte des Zolls.

Das Erdgeschoss widmet sich dem heutigen „grenzenlosen” Zoll in der Europäischen Union, sozialer Gerechtigkeit, dem Welthandel, Produktpiraterie, Artenschutz, Waffen und Rauschgiften sowie verschiedenen Verbrauchssteuern. Hier werden unter anderem auch beschlagnahmte Gegenstände und Schmuggelverstecke präsentiert.