Entwickungsgeschichte und Systematik der Pflanzen. Nutzpflanzen, Paläobotanik, Pflanzenfunde aus ägyptischen Gräbern. Große botanische Spezialbibliothek mit Literatur u.a. zu Heil- und Nutzpflanzen, Drogen- und Giftpflanzen aus aller Welt und in fast allen Sprachen, die allen Interessierten offensteht. Kostbare Werke und historische Herbarien auf Mikrofiche. Großes Herbarium mit ca. 3 Millionen Exemplaren, welches zu den 15 größten der Welt zählt.

Das botanische Museum ist das einzige seiner Art in Mitteleuropa und versteht sich als Ergänzung zum Botanischen Garten. Zahlreiche, meist stark vergrößerte Modelle zeigen Feinstrukturen, die mit bloßem Auge am lebenden Objekt nicht erkennbar sind.